Con Croacia acabando líder del Grupo E de la fase de clasificación, el ex defensa internacional ha visto recompensada la confianza que la Federación Croata puso en él cuando le nombró seleccionador nacional en julio de 2006, cuando sólo contaba con 37 años. Bilić comenzó su carrera como entrenador en la temporada 2002/03 en el Hajduk Split, club en el que ya había triunfado como jugador. Fue designado seleccionador sub-21 de Croacia en 2004 y llegó a poner al equipo como primero de grupo para el Europeo sub-21 de 2006, aunque después quedarían eliminados a manos de Serbia y Montenegro en la repesca.
